תרבית שייק בקבוק שונה מגידול משטח שבו התאים נחשפים ישירות לריכוזי חמצן גבוהים. בתרביות של צלוחית שייק, התאים נחשפים לריכוזי חמצן נמוכים מכיוון שהמיקרואורגניזמים תלויים במרק התרבית.